Il Museo di Anatomia e Istologia Patologica, sorto intorno al 1870, accoglie un’importante collezione di reperti umani e animali patologici di grande pregio scientifico, alcuni dei quali risalenti all’epoca granducale.

Attualmente il Museo è in fase di ristrutturazione e non tutti i reperti sono esposti.

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I musei dell’Università di Pisa constano di nove strutture cittadine e del Museo di Storia Naturale che si trova a Calci, a pochi chilometri da Pisa.

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